Bölge Müdürlüğümüz; 29.06.2011 tarihinde 645 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Orman ve Su İşleri Bakanlığına bağlı olarak kurulmuştur. KHK ile 15 adet Bölge Müdürlüğü kurulması kararlaştırılmıştır.
13.02.2018 tarihli ve 681 sayılı Bakanlık Makamı Olur'u ile yürürlüğe "Orman ve Su İşleri Bakanlığı Taşra Teşkilatının Kuruluşu ve Görevleri ile Çalışma Usul ve Esasları Hakkındaki Yönetmelik" gereğince Merkez Erzurum olmak üzere Ağrı, Ardahan, Bayburt, Bingöl, Erzincan, Erzurum, Iğdır ve Kars illerini kapsayan 13. Bölge Müdürlüğü kurulmuştur.
10.07.2018 tarih ve 30474 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 1 numaralı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 410 nolu maddesinde Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı ile Orman ve Su İşleri Bakanlığı birleştirilerek Tarım ve Orman Bakanlığı kurulmuştur. Bölge Müdürlüğümüz Tarım ve Orman Bakanlığına bağlı olarak faaliyetlerine devam ettirmekteyken, 28 Aralık 2024 tarihli Resmi Gazete'de yayımlanan Cumhurbaşkanı kararnamesiyle, Doğa Koruma ve Milli Parklar Genel Müdürlüğü, “Tarım ve Orman Bakanlığı'na Bağlı Kamu Tüzel Kişiliğini Haiz, Özel Bütçeli Kamu Kuruluşu (Bağlı Kuruluş)" olarak yeniden teşkilatlanmıştır.
